في يوم 14 من محرم عام 1415هـ، الموافق 23 من يونيو عام 1994، وافق السيد رئيس جمهورية مصر العربية على إنشاء المعهد القومي للكلى والمسالك البولية، بقرار رقم (١٩٢)، لينضم إلى الوحدات التابعة للهيئة العامة للمستشفيات والمعاهد التعليمية.
وفور صدور القرار بدأ العمل في تجهيز المرحلة الأولى في 1/7/1995م بسعة 84 سريرًا ليقدم المعهد خدماته لقطاع كبير من المواطنين في مجال جراحات وأمراض الكُلى والمسالك.
ومع انتشار جائحة كورونا حرص المعهد على التصدي لها؛ تماشيا مع توجهات القيادة السياسية بالاهتمام بصحة المرضى ومواجهة تبعات الوباء منذ ديسمبر 2019، وتم افتتاح وحدة الغسيل الكلوي في الأزمات لمواجهة حالات الإغلاق لبعض المستشفيات التي انتشر بها الوباء واستيعاب مرضى الغسيل الكلوي من مستشفيات الساحل وأحمد ماهر وهليوبوليس بطاقة استيعاب كلية وصلت إلى 96 ماكينة غسيل كلوي، من بينهم 40 ماكينة غسيل كلوي حديثة للعمل بكفاءة وتحمل الساعات المتواصلة لاستيعاب التدفق على المعهد.